FTZ batam meliputi seluruh pulau Batam ditambah Pulau Rempang dan Pulau Galang yang semuanya terhubung dengan Jembatan Balerang:
- Pulau Batam seluas 415 km2 Pulau Bulan seluas 100 km2
- Pulau Rempang seluas 165,53 km2
- Pulau Galang Baru seluas 100 km2
Untuk pelayanan FTZ terdapat Kantor Bantu Pelayanan Bea dan Cukai di :
- Pulau Rempang
- Pulau Galang
Pos Pengawasan Bea dan Cukai :
- Pulau Buluh
- Tanjung Riau
- Tanjung Uncang
- Tanjung Piayu Batu
- Besar Pantai
- Sei Jodoh
- Momoi
- Tanjung Sau
- Pulau Ngenang
- Tanjung Kasem Telaga
- Punggur
- Nongsa
- Sagulung
- Batu Ampar 1
- Batu Ampar ii
- Bandara 1
- Bandara 11
- Magcobar
- Janda Berhias
- Kabil Sekupang
- Tanjung Rempang
- Tanjung Sipatung
- Tanjung Karepa Pokob Barat
- Tanjung Cakang